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我国出入境检验检疫部门的财务管理实施严格的“收支两条线”制度，“收”是指依法按照国家财政、物价有关部门制订的标准收取检验检疫费并上缴国库，“支”是按照核定的检验检疫机构和人员编制由国家划拨。
根据《中华人民共和国进出口商品检验法》第39条、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》第48条、《中华人民共和国国境卫生检疫法》第26条及其实施细则第112条和《中华人民共和国食品卫生法》有关条款，检验检疫的收费标准由国务院财政、物价部门共同制订。
原国家进出口商品检验局、国家动植物检疫局和国家卫生检疫局分别执行原国家计委、财政部1994年以计价格794号、795号、796号文发布的收费标准。原国家计委、财政部会同有关部门，又曾多次对上述收费办法和标准进行降费、制订新的业务收费标准。
1998年3月，全国人大九届一次会议批准通过了国务院机构改革方案（“三定方案”），检验检疫机构合并为一，内部职能重新调整，取消了重复、合并了交叉，简化了业务流程。为了适应上述变化，使检验检疫收费更加合理、更加科学，国家发改委会同财政部参照国际通行做法和WTO有关要求，按照成本测算的原则，历经五年酝酿、调研、论证，联合制定了《出入境检验检疫收费办法》（以下简称“《收费办法》”），于2003年12月31日发布，并于2004年4月1日正式实施。
多年以来，为了扩大出口，切实减轻企业负担，出入境检验检疫收费标准一再降低。1996年以前，进出口商品品质检验基本费率是货物总值的2.5‰。1997年国家计委和财政部发布了关于第一批降低22项收费标准的通知，1999年国家计委和财政部又出台了第二批降低收费标准的规定，出入境检验检疫机构按规定收取的检验检疫费在原标准的基础上下降三分之一，同年对加工贸易品质检验和外商投资财产鉴定收费标准也作了相应幅度的降低。
目前执行的《收费办法》中，货物的品质检验费率又进一步降低为货值的1.5‰；对同批货物总值不足2000元的出入境货物，检验检疫机构免收该批货物的品质检验费；同批货物检验检疫费超过5000元的，超过部分按80%计收；属于来料加工、进料加工的出口货物，其总值中进料加工、来料加工入境原料价值占50%以上的，品质检验费按收费标准的70%计收；对于出口的动物产品，如果品质检验、动物产品检疫（Q、N）或食品卫生检验、动物产品检疫（Q、S）需同时实施的，一律免收动物产品检疫费；对部分商品采用型式试验模式收费；对出口运输包装采用周期检验模式收费；进出口免验商品免收品质检验费；对同时申请外商投产价值鉴定的进口货物免收品质检验费；取消了原有的货物卫生检疫费、熏蒸处理监管费、审批费等。
此外，针对一些特殊情况，国家也会制定相应的减免措施。2005年我国局部地区发生高致病性禽流感疫情后，为维持家禽业健康正常发展，最大限度地降低企业损失，检验检疫机构对10项禽类产品免收出口检疫费。目前高致病性禽流感疫情已得到有效控制，但此项降费措施依然在执行中。
我国检验检疫机构作为国家授权的涉外经济技术执法部门，在其检验检疫收费行为中一直体现以服务为宗旨，不以盈利为目的；在其检验检疫财务管理中一直实施收支分离，不与服务对象在经济上发生利益关系，以充分保证检验检疫结果的科学、公正。
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